中国科学院软件研究所计算机科学开放研究实验室始建于1993年，1994年12月正式纳入中国科学院开放实验室轨道运行。2001年11月，根据中国科学院有关文件的精神，改称“中国科学院计算机科学重点实验室”。2002年全国信息科学重点实验室评估中，计算机科学实验室被评为优秀类实验室;2005年，实验室通过国家科技部组织的建设计划论证，开始建设国家重点实验室。2007年，实验室通过国家科技部组织的国家重点实验室建设验收，正式成为国家重点实验室。
截止2016年底，实验室现有83名固定人员，包括3名中国科学院院士(董韫美、周巢尘、林惠民)、1名国家***(应明生)和1名国家青年***(Georgios Barmpalias)、5名国家***科学基金项目获得者(应明生、张健、冯登国、李昂生、詹乃军)、1名国家优秀青年基金项目获得者(田丰)、7名中国科学院“***计划”入选者(张立军、冯登国、张健、王永吉、张文辉、柳欣欣、李昂生)、以及8名中科院特聘研究员(林惠民、沈一栋、张健、詹乃军、张立军、杨超、张振峰、田丰)。六十五岁以下的研究人员都有博士学位，多数研究人员具有在海外留学或工作一年以上的经历。30多位学术带头人及研究骨干中，有15位在40岁以下。经过十几年的不懈努力，形成了一支以中青年为主体、年龄分布均衡、具有国际视野的科研队伍。
实验室积极开展与国内外同行的实质性合作，推动各种形式的学术交流，与本领域的许多国际重要科研单位建立了稳定的合作关系。为了促进我国计算机科学领域的基础研究发展，1996年，实验室开始设立开放课题基金，资助国内外同行与实验室进行合作研究。
实验室的目标定位是：把实验室建设成国际一流的计算机科学基础与应用基础研究基地和高级人才培养基地，为我国软件产业的可持续发展提供理论、技术和人才支撑。阶段性目标是，到2030年，实验室在计算机科学基础理论、形式化方法、量子软件、并行及可信计算等方向均取得国际领先的重大科研成果，同时培养一支有重要国际影响力的人才队伍。
